《上海交通大学学报》（月刊）创刊于1956年，是上海交通大学主办的自然科学与工程技术期刊。上海交通大学建校已有100多年，是中国著名的重点高等院校之一。本刊编辑委员会由上海交通大学各学科资深教授和专家组成。本刊兼顾学术性和应用性，以工程应用为主，旨在反映本校师生和科研人员的最新科研成果，促进校内外和国内外的学术交流。本刊设科研论文、工程技术报告、研究简讯、综述、学术讨论等，内容涉及船舶及海洋工程、材料工程、动力机械工程、工程力学、生物工程、机械工程、能源工程、电力工程、电子信息工程、塑性成形工程、计算机科学和自动化等方面。

《上海交通大学学报》获1996年全国优秀科技期刊奖、1992年、1996年、1999年国家教育部系统优秀科技期刊奖、2002年“百种重点期刊奖”、2003年百种中国杰出学术期刊、2004年教育部全国高校优秀科技期刊一等奖、2004年“百种重点期刊奖”。

《上海交通大学学报》(农业科学版)（双月刊）创刊于1983年，是上海交通大学主办的综合性农业学术期刊。主要刊登：生物学、植物科学、园林科学、动物科学、食品科学、农业水利与农业机械工程、农业化学与农业物理学、农业环境生态、乡镇规划与建设等学科的基础理论或应用研究的学术论文、研究简报、文献综述或快报。办刊宗旨：主要是反映农业最新科研成果，促进国内外学术交流与合作，为我国农业现代化服务。读者对象：是科技工作者、高等院校师生等。本刊是中国学术期刊综合评价数据库和中国科学引文数据库来源期刊，也是中国科技论文统计源期刊；曾获农业部全国高等农业院校优秀学报一等奖，上海市教委优秀期刊奖。国内外著名检索工具如《Agrindex》、《CABI》、《中国农业文摘》等均将本刊列为文献信息源。本刊已加入《中国学术期刊》光盘版。

《上海交通大学学报》(农业科学版)获农业部全国高等农业院校优秀学报一等奖；上海市教委优秀期刊奖。

《上海交通大学学报》（哲学社会科学版）（双月刊）创刊于1993年，是由教育部主管，上海交通大学主办，国内外公开发行的综合性学术理论刊物，被《中国期刊网》、《中国学术期刊（光盘版）》、《中国学术期刊综合评估数据库》列为源刊。

《上海交通大学学报》（哲学社会科学版）作为沟通学校和社会、国内与国外的学术研究与交流的媒介，学报高度自觉地坚守办刊宗旨，坚持以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，遵循党的“百家争鸣，百花齐放”方针，在办刊过程中，重视基础研究，偏重应用研究，为繁荣学术研究，推动学科建设，培养高素质人才服务。力求在“理论性、超前性、实践性”方面办出特色。获奖情况：中国人文社会科学核心期刊要览(2008年版)、北大2008版核心期刊、2002年全国优秀社科学报、2003年上海市最佳学报。

《上海交通大学学报(医学版)》原上海第二医科大学学报为医药卫生类综合性学术期刊，创刊于1958年，月刊。本刊以全面反映本校在科研、医疗、教学和管理等领域中所取得的新成果、新理论、新技术、新经验，引导科技发展，培养学术人才，增进学术交流为办刊宗旨，设有专家论坛、论著（基础研究、临床研究、预防医学、卫生事业管理等）、专题报道、综述、短篇论著、技术与方法、病例报告和信息交流等栏目。主要读者对象为从事医疗、教学、科研、卫生事业管理等工作的人员。

《上海交通大学学报(医学版)》以反映上海交通大学的医药学科研成果为主，并接收校外来稿。本刊向国内外公开发行，被包括中国自然科学类核心期刊、中国科技论文统计源期刊、中国核心期刊(遴选)数据库、美国《化学文摘(CA)》、俄罗斯《文摘杂志(AJ)》、美国《剑桥科学文摘(CSA)》等国内外权威检索系统收录。

《上海交通大学学报(医学版)》获中国科技核心期刊；中国医学核心期刊；中国期刊方阵“双效”期刊；中科双效期刊；Caj-cd规范获奖期刊。