《南京师大学报》（自然科学版）（季刊）属综合性自然科学学术期刊，主要刊登校内外作者有关数学、物理学、化学、地理科学、生命科学、实验心理学等方面的研究论文。

《南京师大学报》（自然科学版）本刊坚持基础理论与应用并重的选稿方针，着重展示我校重点学科的研究成果，为社会主义现代化建设服务、为学科建设服务。获奖情况：全国优秀自然科学学报；江苏省优秀自然科学学报；江苏省优秀期刊；全国中文核心期刊；在2004年全国高校科技期刊评比中获得二等奖，美国《数学评论（网络版）》；英国《动物学记录》收录期刊。

《南京师大学报》（社会科学版）（双月刊）是南京师范大学主办、江苏省教育厅主管的哲学社会科学综合性学术期刊。现任主编：吴康宁；常务副主编：蔡道通；副主编：陆林。本刊为双月刊，单月25日出版。

《南京师大学报》（社会科学版）主要刊登国内外哲学、教育学、心理学、经济学、管理学、法学、社会学、政治学、历史学、文学和语言学等方面的学术论文。本刊坚持基础理论与应用研究并重的原则，关注我国社会主义现代化建设的重大理论与实践问题的研究。为学校的学科建设、科研工作和人才培养服务，为推进我国的科教兴国战略、繁荣我国哲学社会科学事业和促进社会主义现代化建设服务。获奖情况：中文核心期刊(2011)、中文核心期刊(2008)、中文核心期刊(2004)、中文核心期刊(2000)、全国双效期刊、全国双十佳社科学报、中国人文社会科学核心期刊要览(2008年版)、北大2004版核心期刊、北大2008版核心期刊。